A atividade de controlo é regulada por diretrizes internacionais, regulamentos técnicos, normas de conduta, princípios e normas legais.
Em cada procedimento é assegurada a inexistência de conflito de interesses, mediante declaração assinada por todos os intervenientes.
Os processos de decisão da IGF-Autoridade de Auditoria assentam em procedimento hierárquico com diferentes níveis de decisão.
Os procedimentos, documentos e processos de decisão, são objeto de apreciação, em qualquer fase, pelo Comité de Qualidade.
Os projetos de regulamentos internos da IGF-Autoridade de Auditoria, a política de qualidade e de gestão de recursos humanos são definidos e executados com base em parecer do Conselho de Inspeção.
Qualquer decisão que envolva matéria relativa a inspetores e à ação da IGF-Autoridade de Auditoria é objeto de procedimento e de fundamentação por diferentes órgãos, independentemente do autor da prática do ato final.
A gestão de conflito de interesses instituída pela IGF-Autoridade de Auditoria foi internacionalmente relevada pela Comissão Europeia e reconhecida como uma boa prática.
A IGF-Autoridade de Auditoria é a única Autoridade de Auditoria com contrato de confiança com a Comissão Europeia, em duas avaliações consecutivas, para todos os fundos e programas operacionais.